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无奈的工藤新一只能依靠在堂弟的怀中，就这样被他抱着回到了家中。
两人在浴室内清洗一番后，身上带着刚沐浴过的清香，以及散发着温暖的气息，一起来到一楼的客厅中。
工藤新一更是尴尬看着端坐在旁边的堂弟，脸上慢慢的流露出害羞的红晕。
“谢谢你，九歌。虽然我不知道我究竟发生了什么事，但现在只能接受这种结果了。我希望你先不要告诉我爸爸妈妈和小兰，怕他们会担心我。”工藤新一诚恳的请求着他，看到堂弟点头后，口中轻轻吹出一口气。心道：总算解决掉一个。
“小兰他们担心你，我就跟了过去。刚到那边时，刚好看到两个一身黑衣的人离开那里。想必害你成这样的，肯定是那两个人了。要不要我帮助你寻找他们的踪迹。”
“暂时先不用，探查他们底细先等一等。免得打草惊蛇，给周边的人带来麻烦。”工藤新一对对于那两个人闭口不谈，从他们与别人交涉的内容来看，这两个人背后肯定有一个庞大的组织。
“现在你变小了，身份怎么解决呢？”工藤九歌看了看坐在旁边，只有六七岁大小的小孩子，忍不住问出了这句话。
“真是头疼，实在不行就暂时的居住在阿笠博士那里。想必黑衣人组织也会在工藤家族探查，你这里还是多了几分危险。”工藤新一实际上最想住的地方，是他的公寓。
“不是很好，阿笠博士毕竟和我们是隔壁。黑衣组织很容易就会查到这个地方，你的身份也没有那么容易隐藏。要不你就居住到你青梅那里，毕竟那也是一个侦探事务所，更方便你追查黑衣人的底细。你觉得这个怎么样？”工藤九歌想让他按照剧情的发展，居住到毛利事务所。
“你说的也对，看样子要劳烦阿笠博士出面，给我安排个身份住进事务所内。”工藤新一同意了堂弟的说法，两人便决定一起去阿笠博士的家中。
阿笠博士公寓处于两个工藤家的公寓中间，出门右转后到了阿笠博士家。
阿笠博士是一名天才的发明家，总有些稀奇古怪的想法，一些稀奇古怪的物品也在他手中创造了出来。这个老头儿很宅，几乎把所有时间都放在了实验室内，此刻他当然在家中。
阿笠博士听完两人的叙述后，呆愣愣地坐在一旁。他已经被两人的话语所惊呆了，简直不可思议，一个成年人被喂了一丸药丸后，居然缩小到了幼童。如果不是他很熟悉这两人，还以为别人给他开玩笑呢。
“这群人幕后一定有一个强大的组织，我们的周围这段时间黑衣人你也可能会监视这里。安排他去毛利事务所，对查找黑衣人的线索有一些帮助。另外，博士你帮他设计一些小东西，能够让他应对不必要的麻烦。”工藤九歌想到动漫里那些稀奇古怪的道具，便叮嘱阿笠博士帮新一设计一些。
三人商量好后续的安排，九歌便带着新一回到了他的家中。换了合适的衣服，才从更衣室中出来。谁知道不放心的小兰，这时候却来到了工藤的家中。
慌乱中工藤新一给自己起的名字为江户川柯南，至此名侦探柯南的剧情从此刻拉开了帷幕。
工藤九歌照原计划，拜托了毛利兰照顾变小的江户川柯南，表示明天他会去毛利事务所拜访毛利小五郎。
无奈的江户川柯南，只得跟着小兰去了米花町的毛利事务所。
送走了毛利兰和江户川柯南，九歌便消失在了自己的房中，一转眼来到了小泉夕子的家中。
他把刚才发生的一切一一告诉给了小泉夕子，她对今天发生的所有事情，忍不住好奇起来。在她生活的那辈子，末世来临后也没能看到名侦探柯南的结局，好不容易来到这个世界，当然想看看儿时的偶像。
自认心地善良，正直可爱的小泉夕子决定送柯南一个魔法物品，让他在遇到案件时，能够自动触动魔法屏障，帮他挡去三次物理伤害。她可是记得这个世界很危险，柯南的身边几乎每天都在发生案件，希望这个小东西守护他三次。
两人决定明天一早就去毛利事务所，约见毛利小五郎。她可对这个表面糊涂，时常被麻醉枪刺中的沉睡小五郎，好奇了很久的。
她肯定是要看看，这个毛利小五郎是否真正是一个糊涂，又不缺乏正义感，热心肠的一个人。他所表现的好色，嗜酒，邋遢，赌博是否真如他表现出来的那个样子。
翌日清晨，小泉夕子和工藤九歌相约一起去了毛利事务所。
到了这里后才发现，昨天晚上他们接到了一件案件，几人几乎忙碌了一个晚上。三人正疲惫的躺在客厅的沙发，毛利小五郎更是斜躺在沙发上，口中留下可疑的透明物体。
强制打起精神的毛利兰，接待了他们两个人。从小兰的口中得知，昨天晚上他们经历了一件绑架案，到了深夜才回到了事务所中。
两人在小兰的陪同下，在事务所中悠闲的等着毛利先生的醒来。小泉夕子从空间拿出一些疗伤的药，让小兰帮柯南身上的伤口敷上了一些药，也让他昨天被歹徒攻击所受的伤能够更快的好了。
工藤新一离开的突然，关心他的毛利兰很想从九歌的口中，得知他的下落。
但是工藤九歌在没有得到新一的批准后，根本不会把他的具体信息告诉她。而且毛利兰有一种感觉，好像新一就在她身边，再见到他们两人后，这种感觉更加的强烈。
时间到了午时，毛利小五郎才慢慢的清醒过来，当发现事务所中多了两个和女儿年龄相仿的年轻人。其中一个红发的女孩子，更是娇俏可人，比他的偶像冲野洋子还要漂亮三分。
强忍住心中颜控的冲动，接待了他们两人。工藤九歌在表明了他的来意后，并且奉上了一张大额支票。
柯南便以阿笠博士以及九歌妈妈的亲戚住到了毛利事务所，他则带着一张金额不小的支票来酬谢毛利小五郎。
平常事务所几乎没有客人上门，这也使得毛利小五郎一直处于赤字状态，好不容易有一笔金额进账，他当然会接受柯南的入驻。
毛利小五郎性情高昂的送走了两位金主，便安排柯南住到了家中。
接下来几天，柯南被安排进了帝丹小学一年级b班，开始了他小学生涯。
在入学的当天，果不其然的碰到了游乐场中所遇见的三个小朋友。分别是吉田步美，小岛元太，元谷光彦，而柯南也在他们的死缠烂打下，终于成为了好朋友。
江户川柯南不愧为死神小朋友，当他入住毛利事务所后，毛利小五郎接到的案件逐渐多了起来，他也跟着毛利小五郎一起出现在众多的案发现场中。只是追查黑衣人组织的信息仍然没有任何进展，阿笠博士准备的道具也终于送到了柯南手中。
手表麻醉枪，蝴蝶结变声器，脚力增强鞋，犯人追踪眼镜等让人看到眼花缭乱，这些小物件虽然制作并不复杂，但对于现在的柯南来说必须具备的小道具。
美滋滋的柯南把这些物品装配在自己的身上，还高兴的到处测试这些高科技物品。
小泉夕子如愿的看到了这些物件，还央求阿笠博士帮他制作了一套，那套能够变声器也应她的要求，更换了模版，更方便她来使用。
少年侦探团也得到了阿笠博士的礼物，那个侦探徽章成为了侦探团人手必备的装备。虽然柯南有时不喜欢那三个小朋友涉及危险，但是他对于新认识的朋友很是关心。帮他们准备了侦探道具，而且还处处保护他们的安全。
时间一日一日的流逝，从九歌那里得知，死神柯南已经经历了数个案件，几乎一步一劫，十步一难，案件总会在他身上不经意的就发生了。
天气渐渐变冷，冬天悄悄的来临。时间并没有停止，也不会像动漫中出现今天夏天，明天冬天的情况。终于，小泉夕子他们结束了一年级的第一学期课程，迎来了寒假。
圣诞节前夕，很多学校已经开始放假了，帝丹小学中的江户川柯南当然也不例外。
毛利小五郎接到了朋友的邀请，前去参加婚礼。他们三人一起乘坐新干线前往荆州，少年侦探团以及小泉夕子他们一起跟着去。
在新干线上，柯南发现了黑衣人的出现，他自然会跟踪和这两个黑衣人。
小泉夕子在一旁看着柯南等人的表演，有种处于全息游戏中看着喜欢的剧情。
那两个黑衣人却不是伏加特和琴酒，但同窃听器中听到了他们要炸掉这条新干线中的一个人，炸弹也会把这条新干线给炸掉。
黑衣人在新主屋站下了车，因为柯南属于小孩子，告诉新干线上的乘警，但是他们并不相信他。不得已的情况下，他只得独自去调查那个手提炸弹箱的那个人。
九歌在旁边看着他们的表演，用神识锁定了那个倒霉的交易人。并且打了一个手决，保证那个皮箱不被碰触而爆炸。